З метою вдосконалення діяльності, в тому числі, більшої оптимізації та збалансованості фінансово-економічних показників з 1 січня 2016 року була введена нова організаційна-штатна структура НААУ.
В чинній організаційній структурі, на відміну від попередньої, основними вагомими відмінностями є:
a) попередній штатний розпис нараховував 51,5 штатних одиниць, чинна структура була зменшена на 6,5 одиниць і становить 45 штатних одиниці;
b) чинна штатна структура має три управління: управління планово-організаційне; управління з акредитації органів сертифікації та інспектування; управління з акредитації лабораторій;
c) основні функції, які були розподілені між двома основними управліннями, в чинній структурі зосереджені в одному управлінні і за них несе відповідальність один начальник управління, а не два одночасно, як було раніше.
Нова штатна структура дозволить більш ефективно виконувати складні завдання, які стоять перед НААУ, підвищити ефективність роботи персоналу, а також підвищити довіру усіх зацікавлених сторін.